椎間孔鏡下或內鏡下顯微椎間盤摘除術的選擇標準與椎板切開、椎間盤摘除術的選擇標準并沒有本質的差別。

選擇行微創手術的椎間盤突出癥患者必須表現出神經根受壓的癥狀和體征，并須滿足以下條件：

1.持續或反復發作根性疼痛;

2.根性疼痛重于腰痛。如腰痛癥狀大于腿痛的中度以下膨出的患者可先做低溫等離子髓核成形術;

3.經嚴格保守治療無效。包括運用甾體或非甾體消炎止痛藥、理療、作業或條件訓練程序，建議至少保守治療4-6周，但如果出現神經癥狀進行性加重，則需要立即手術;

4.沒有藥物濫用及心理疾病史;

5.直腿抬高試驗陽性，彎腰困難;

6.為了精確確定突出或脫垂的髓核的位置和性質，以及椎間孔骨質增生的情況，手術前要進行徹底的影像學檢查，特別是CT和MRI是精確確定髓核大小、位置和性質的重要手段。